RNAseq
L’extraction des ARN ainsi que leur contrôle quantificatif et qualitatif ne sont pas assurés par la plateforme. Afin d’obtenir des ARN de bonne qualité nous vous recommandons d’utiliser des protocoles d’extraction sur colonnes avec membrane de silice ou billes magnétiques (Qiagen, Macherey Nagel …) et pas de Trizol ni phénol-chloroforme.
La qualité des ARN doit impérativement être validée par une électrophorèse haute résolution (Bioanalyzer, Tapestation, Labchip GX). Le RIN (RNA Integrity Number) doit être supérieur ou égal à 7.
Toutefois, il existe des kits spécifiques permettant la préparation de librairies à partir d’ARN dégradés issus de tissus FFPE.
Les protocoles de préparation de librairies dépendent de la quantité d’ARN total disponible ainsi que du type d’ARN à étudier ==> Contactez nous pour planifier vos expériences.
Options de séquençage du NextSeq 2000 (Nouvelle Chimie XLEAP-SBS)
Chaque flow cell peut être utilisée pour séquencer en single read (SR) ou paired-end (PE).
Par exemple une flow cell P2 100bp permet de séquencer 100bp en SR ou 2 x 50bp en PE.
Nos équipements de tri cellulaire (GentleMacs, Tyto, MacsQuant16) sont accessibles pour la préparation de vos échantillons → Réserver ou Nous contacter