L'EUROPE S'ENGAGE EN NORMANDIE
InnovaSEQ est une plateforme technologique dédiée à la recherche biomédicale, dont l’objectif est d’accompagner les chercheurs et les cliniciens dans la caractérisation de nouveaux biomarqueurs grâce à des outils innovants pour le diagnostic, le pronostic, le suivi des patients et l’évaluation de la réponse aux traitements.
La plateforme s’appuie sur des technologies de pointe permettant l’analyse intégrée des gènes, des cellules et des protéines à partir d’échantillons biologiques. Elle met en œuvre des approches complémentaires de type multi-omique afin de fournir une vision globale et systémique des processus biologiques impliqués dans les pathologies. Cette stratégie intégrée permet notamment une exploration non biaisée de l’expression génique, l’étude de l’organisation spatiale des cellules au sein des tissus et l’analyse des interactions cellulaires dans des contextes pathologiques.
Projet SLIM - Spatial imaging and Laser Intra vital Microscopy
Ce projet est co-financé par la Région et l'Union Européenne dans le cadre de la programmation des Fonds Structurels 2021-2027.
Le projet SLIM consiste en l’acquisition d’un équipement de biologie spatiale (MACSima), d’un robot pipeteur et de cuves de stockage d’échantillons. La biologie spatiale offre une approche novatrice permettant permet d’étudier plusieurs centaines de marqueurs protéiques et des dizaines d’ARN sur un même échantillon directement dans les tissus avec une résolution sub-cellulaire, ce qui permet une reconstruction fine des structures tissulaires et une exploration approfondie des interactions cellulaires complexes et offre une résolution sans précédent dans la caractérisation des types cellulaires et l’exploration du microenvironnement tissulaire. La biologie spatiale s’intègre dans la continuité des analyses scRNAseq car elle permet de valider les biomarqueurs identifiés par scRNAseq en y ajoutant une dimension contextuelle et spatiale. 
Cette approche combinée ouvre la voie à des avancées majeures en médecine de précision, en permettant d’identifier des signatures moléculaires et structurelles exploitables pour le diagnostic et le développement de nouvelles thérapies. L’acquisition de cet équipement offre l’opportunité aux équipes de recherche locales et à leurs collaborations d’accéder à cette technologie innovante, mais également de faire du site de Caen un centre de référence de cette technologie pour l’Ouest de la France.
Par ailleurs, les technologies de RNAseq et Single Cell RNAseq mises en œuvre sur la plateforme InnovaSEQ sont des techniques hautement sensibles qui nécessitent la manipulation de petits volumes de réactifs et de quantités précises pour obtenir des résultats fiables et reproductibles. Selon les protocoles, une expérience requiert entre 50 et 400 étapes de pipetage par échantillon. C’est la raison pour laquelle il est associé à l’acquisition de l’équipement de biologie spatiale, un robot de pipetage pour la réalisation des protocoles, ainsi que des cuves à azote liquide pour le stockage des échantillons. Ces 2 équipements représentent une plus-value indéniable et des outils précieux en offrant une combinaison de précision, reproductibilité, gain de temps et d'optimisation des conditions expérimentales et de stockage des échantillons.
Montant de la subvention Région-FEDER : 639.5 K€
Dates de projet : 01/10/2024 au 31/09/2026
Projet BIOMAP 3D
Ce projet est co-financé par la Région et l'Union Européenne dans le cadre de la programmation des Fonds Structurels 2021-2027.
Le projet BIOMAP 3D consiste en l’acquisition d’équipements complémentaires aux équipements existants de la plateforme dans le but d’optimiser l’offre de service pour faire face à la demande et élargir l’accès à ces technologies innovantes pour favoriser un plus grand nombre de projets, accélérant ainsi la recherche translationnelle et mettant en valeur une recherche d’excellence en Normandie.
En complément des analyses transcriptomiques RNAseq et Single-Cell RNAseq (scRNAseq) proposées sur la plateforme, InnovaSEQ a enrichi son offre de service en 2024 avec l’acquisition d’un appareil de biologie spatiale (MACSima). La biologie spatiale est une approche novatrice permettant d’explorer la distribution spatiale des gènes et protéines dans les tissus avec une résolution sub-cellulaire et d’analyser l’organisation des cellules dans leur environnement tissulaire. Cette technique permet ainsi une compréhension approfondie des interactions cellulaires et une cartographie fine des processus pathologiques.
Cette approche combinée ouvre la voie à des avancées majeures en médecine de précision, en permettant d’identifier des signatures moléculaires et structurelles exploitables pour le diagnostic et le développement de nouvelles thérapies.
La qualité des résultats obtenus en Biologie spatiale passe inévitablement par une préparation de qualité, rigoureuse et reproductible, des tissus ainsi qu’à des analyses d’images et de données performantes. De fait, une station de travail équipée d’un processeur puissant, d’une grande mémoire et d’une carte graphique haut de gamme est indispensable pour analyser les images de biologie spatiale qui sont très volumineuses (> 100 Go) et font appel à des algorithmes de deep learning pour la reconstruction 3D et l’analyse des relations spatiales entre cellules.
Ainsi, le projet BIOMAP 3D a permis d’acquérir un module de prétraitement des lames de tissus permettant de préparer de manière efficiente les échantillons, ainsi que 2 stations de travail dédiées à l’analyse d’images possédant des capacités de calcul élevées, notamment en puissance de traitement, mémoire vive et stockage.
Par ailleurs, les expériences de scRNA-seq réalisées sur la plateforme constituent une approche puissante avec une résolution très fine mais aussi très coûteuse qui exige une précision et une maîtrise rigoureuses, la réussite de l’expérience et la production de données de qualité reposent principalement sur la qualité de la suspension de noyaux ou cellules individuels, rendant cette étape initiale de préparation essentielle et déterminante. Ainsi, le projet BIOMAP 3D a également permis d’acquérir un microscope inversé à fluorescence qui permet de compter très précisément le nombre de cellules ou noyaux de chaque échantillon et vérifier leur qualité (intégrité et viabilité) à l’aide d’intercalants fluorescents spécifiques.
Montant de la subvention Région-FEDER : 55 K€
Dates de projet : 01/11/2025 au 30/10/2027
Projet QuantBIO– Quantification de biomarqueurs
Ce projet est co-financé par la Région et l'Union Européenne dans le cadre de la programmation des Fonds Structurels 2021-2027.
En 2025, InnovaSEQ a enrichi son offre de service avec une méthode de protéomique ciblée permettant la quantification simultanée de plus de 1000 protéines à partir de volumes extrêmement faibles d’échantillons. Cette approche apporte une information fonctionnelle complémentaire aux données transcriptomiques et génomiques, contribuant à relier l’expression des gènes aux processus biologiques effectifs observés chez les patients et à renforcer la recherche translationnelle.
Le projet QuantBIO vise à acquérir un équipement dédié à la quantification de biomarqueurs ciblés, offrant une solution plus simple, plus rapide et économiquement optimisée. Cet appareil de PCR quantitative permet la quantification de panels ciblés contenant un nombre plus restreint de protéines, sélectionnées pour leur pertinence biologique ou clinique. Les panels ciclés sont plus simples d’utilisation sur des cohortes plus larges ou des études de suivi.Cet équipement est donc particulièrement adapté aux phases de validation des biomarqueurs identifiés lors des études exploratoires, aux analyses comparatives sur de larges cohortes, aux études cliniques longitudinales de suivi, ainsi qu’aux travaux menés sur des modèles précliniques. Il contribue à renforcer la capacité d’InnovaSEQ à soutenir la recherche biomédicale et à favoriser le transfert des résultats scientifiques vers des applications cliniques concrètes.
Montant de la subvention Région-FEDER : 170 K€
Dates de projet : 01/10/2026 au 30/09/2028
